中西医结合是顺应历史发展的自然规律，逐渐产生并日益健全完善，具有强大生命力的新学科.理论是实践的先导，中西医结合要取得大的成就，就必须在理论上有突破性进展。中医的基础理论，如阴阳、脏腑、气血经络等学说太笼统模糊，不能对临床治疗作出更具体深刻地说明，并不能进行定量分析，不利于认识的深入发展(如器官以下的细胞、分子、粒子水平的认识理论)，所以历代中医学有发展而无重大突破。“气”可谓中医的理论核心，宗气、营气、元气、卫气及脏腑经络之气究竟是什么物质?“气为血帅，血随气行”说明气在人体生命中的作用，在微循环理论中人体组织、细胞、氧饱和度及缺氧状态决定着人体重要器官的功能状态，揭开中医“气之谜将奠定中西医结合的基础，中医的津液、精血、脏象等更需要研究，中医的内脏不是一个解剖学概念，更重要的是一个生理病理概念学概念，它涉及机体的许多系统，如脾虚时可见消化酶活性及吸收功能的低下等，在上述功能障碍的同时，消化系统还可伴有不同程度的形态学改变，这种研究对发掘脾胃学说提供了科学的依据及深入探讨方向，近年来内分泌学研究证实心脏不仅是一个泵血的动力器官，而且还具有分泌心钠素，调节血压及电解质的内分泌器官，这就深化了中医的主血脉、主神明，其华在面的认识，中西医结合基本理论的研究是中西医结合的根本。
中西医最重要的结合点是中西药物的合理结合，配合应用，要充分利用西医学理论和技能筛选或研制出对某些疑难病、多发病有独特疗效的药品来，如获国家发明奖抗病特效药青蒿素的研制就是一个范例，青蒿几千年来一直作为抗病中药，但配伍在中药汤剂中既不方便，疗效也不十分明显，科研人员利用现代药化知识反复试验终于提取了青蒿素，在此基础上又进一步完成了双氢青蒿素的开发研制，为中医药走出国门，服务于世界人民的健康做出了杰出的贡献，利用现代科技从中草药中提炼发掘新药是一种方法，化裁处方改进剂型也是一种方法，改革饮片制剂制成易服速效或控效的片效冲服剂及滴丸。中西药物结合尚应体现在取长补短，优势互补上来，一般西药多起效快，但维持时问短，强调复方辨证用药，怎样使二者有机地结合场长去短是一个很有实用价值的研究课题，如是红斑狼疮在急性期有选西药糖皮质激素快速免疫抑制，减少免疫复合物的沉积，急性期过后病人体质消耗，采用养阴益气活血通脉中药以扶正祛邪，逐步撤减激素，直至停用，最后以凉血解毒，益气扶正中药固本，实践证明这种根据疾病发展规律及中西药物作用特点分阶段地结合用药优于单用一类药物的治疗，由于中西药物药理及理化性质不同，中西药物在结合应用时还须考虑到二者的毒副作用及拮抗，在使用时应注意如何避免。
中西医结合不是简单的西医诊断加中药治疗或中西药相加，它是一种医学在诊治时援用另一种医学方法(包括理论上的融汇贯通)使之发挥，相辅相成，取长补短，形成能够达到最佳治疗效果的最佳组成结构，其功能超出单纯中西医(药)相加，而是整体综合性的放大效益。两者的结合，可使中医诊断方法从宏观到微观，从定性到定量，进一步促进中医诊断辨证思维的现代化。
