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消化科是该院建科最早的科室之一，开放床位48张，专业技术人员22名，高级职称以上医师6名。对常见病及部分疑难病症的诊疗，如先天性幽门狭窄、肠套叠、食管返流、胆囊炎、婴儿肝炎综合症、婴儿黄疸，各种腹泻病等都积累了大量的临床经验。科研专利?秦莲灌肠液治疗婴幼儿秋季腹泻疗效独特，经过十年临床应用及改进，患儿无痛苦、疗效快、无任何副作用，可避免较小患儿服药的不便和药物对胃肠道刺激的不良反应，该专利曾获市科技进步二等奖。先进的儿童专用电子胃镜，曾迅速为患儿取出发卡、缝衣针、螺丝钉、圆珠笔、钱币、电池等多种异物，使患儿免除了开腹之苦，手术之痛。该设备对反复腹痛，尤其是上腹部及脐周疼痛、上消化道出血、胃扭转复位、原因不明的贫血、不能用心肺疾病解释的胸骨后疼痛、已有上消化道疾病，需复查或进一步确诊者有较好的诊断和治疗效果。多例表现经常性呕吐、有明显的捎化不良症状（厌食、反酸、暖气、上腹饱胀、烧心等）的患儿，经电子胃镜检查出消化性溃疡病变，从而避免了溃疡引发大出血的危险。
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