(一)病史
黏膜疾病病因较复杂，表现也多种多样，深入了解病史有助于诊断，病史包括患者年龄、职业、性别、性接触史、全身疾病史等。
(二)体格检查
黏膜损害并非一个症状，是在一定发病部位的多种症状或体征，可以按发病部位来考虑疾病诊断，每个发病部位都有一组常见疾病，再结合损害性质确定诊断。另外新膜部位不如皮肤直观，应注意充分暴露病损，光线要充足，特别是口腔外阴及阴道内，还应注意其他部位有无皮损。
(三)实验室检查
黏膜疾病的实验室检查有多种，要结合病因考虑，如感染性疾病可借助细菌学检查，病毒性疾病可进行病毒培养鉴定，组织病理可为肿瘤提供诊断依据，性传播疾病也有多方面检查，如梅毒血清学试验，PCR检查可以用于多种疾病的诊断，真菌学检查有助于真菌性疾病的诊断。
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