由于新生儿抵抗力差和脑膜炎症状不典型，使早期确诊和及时治疗存在一定困难，因此并发症及后遗症相对较多。并发症中以硬脑膜下积液、积脓较多见，后遗症中以脑积水、智力低下等较常见。
1.硬脑膜下积液 治疗过程中脑脊液检查好转，而体温持续不退，临床症状不消失;病情好转后又出现高热、抽搐、呕吐。前囟饱满或隆起;硬脑膜下穿刺有黄色液体>1ml;颅骨透照及头颅CT、有助诊断。
2.脑室炎 其发生率可达65%～90%，甚至100%。年龄愈小、化脑的诊断和治疗愈延误者，则发病率愈高。临床表现可有患儿经常规治疗后，疗效和化验结果不见好转;病情危重、频繁惊厥、出现呼吸衰竭或脑疝，脑脊液培养出少见细菌(大肠埃希杆菌、流感杆菌、变形杆菌等)，颅内压增高，已排除硬脑膜下积液及化脓性脑膜炎复发者，确诊必须行脑室穿刺术取脑脊液检查。
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