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胃-幽门-十二指肠协调运动失调被认为是该病的主要发病机制，协调运动失调引起的十二指肠逆蠕动增加、幽门关闭功能减弱、胃排空延迟, 均可导致十二指肠内容物过量反流入胃。

1. 十二指肠胃反流发生机制十二指肠胃反流是机体的一种生理现象，但发生过度就会对胃黏膜造成损伤。当十二指肠出现逆蠕动，此时恰好幽门开放，则发生十二指肠胃反流。有时十二指肠逆蠕动很强，若出现强有力的胃窦收缩。也可以阻止十二指肠胃反流的发生。任何导致胃肠动力紊乱和解剖异常的因素均可引起病理性十二指肠胃反流的发生。

2. 十二指肠胃反流的致病作用胆汁酸是十二指肠反流液造成黏膜损伤的主要成分，对黏膜屏障具有明显的破坏作用。酸性环境下汁酸对胃黏膜的侵袭力增强，其与消化酶等成分的共同作用可导致黏膜细胞和组织结构的改变，同时削弱胃黏膜的多种保护机制，并促进作用其他损伤因子如胃酸和幽门螺杆菌的作用。

3. 幽门螺杆菌感染幽门螺杆菌感染引起胃黏膜炎症，胆汁反流性胃炎可与HP感染并存，HP感染和胆汁反流两者均与黏膜损害有关，其可能通过增加胃泌素释放，从而影响胃十二指肠动力，引起胆汁反流。

4. 其他原因：如原发性幽门括约肌功能障碍可使幽门开放时间延长、幽门松弛或挈持续开放状态，使十二指肠内容物反流入胃，引起十二指肠胃反流的发生；如胃肠神经肽和激素水平异常可导致胃肠道运动的紊乱进而导致十二指肠胃反流的发生。