葡萄球菌能产生多种毒素和酶，如溶血素、葡萄球菌激酶、凝固酶等。一般认为凝固酶与细菌毒性有一定关系，如为凝固酶阴性，则多为条件致病菌，很少引起严重疾病，但为医院内感染的常见细菌之一。在儿童，尤其是新生儿免疫功能不全是金黄色葡萄球菌感染的重要易感因素。国外研究表明，体重过小及胎龄不足是败血症的2个高危因素，而且凝固酶阴性的葡萄球菌在新生儿血培养中不容忽视。病原菌由人体体表或黏膜进入体内，由于上述毒素和酶的作用，使其不易被杀灭，并随血循环播散至全身，肺脏极易被累及。尚可有其他迁徙病灶，亦可由呼吸道感染后直接累及肺脏导致肺部炎症。
