因食物在十二指肠内停留时间短和胃酸的作用，结核杆菌一般不易在十二指肠内生长繁殖，但当患者抵抗力低，同时又接触大量结核杆菌时，国外报道10%～50%的患者合并活动性肺结核，就可能发生感染。原因考虑与下列因素有关：
1.结核菌经血液或淋巴液循环至十二指肠壁黏膜下层或肌层，产生结核灶，进而发展侵及黏膜和浆膜层。
2.邻近组织或器官的结核灶直接侵及并穿透十二指肠壁。
3.摄入或吞咽的痰液里混有结核杆菌，结核杆菌在十二指肠停留，侵及黏膜和黏膜下层造成感染。另外，由于十二指肠血流十分丰富，也为结核杆菌感染创造了条件。
4.胆管系统也可能为另一感染途径，如肝结核的结核杆菌可通过肝外胆管到达十二指肠引起感染。
十二指肠结核好发部位主要在十二指肠水平部，其次为降部。十二指肠壶腹部的结核常常侵犯到胃。
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