近年来，随着立克次体分子生物学(16srRNA序列、DNA-DNA杂交、全DNA或基因片段、质粒等)研究的进展，旧的立克次体分类已不能完全反映立克次目中所有种属的全貌，应运而生的是根据遗传物质对立克次体进行新的分类。16srRNA序列的分析显示，立克次体可分为两个亚群，α亚群包括立克次体(Rickettsia)、埃立克体(Ehrlichia)、埃菲比体(Afibia)、考德里体(Cowdria)和巴通体(Bartonella)；γ亚群包括柯克斯体(Coxiella)和沃巴哈体(Wolbachia)。现并已发现很多新的种属如日本立克次体(Rickettsiajaponica)、查菲埃立克体(EhrlichiaChaffeensis)、腺热埃立克次体(EhrlichaSennetsu)、汉赛巴通体(Bartonellahenselae)等。罗卡利马体(Rochalimaea)的名称已为巴通体所取代，故战壕热的病原体也应改称为五日热巴通体(Bartonellaquintana)。
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