急性化脓性甲状腺炎常见的病原菌为金黄葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎链球菌、革兰阴性菌等。细菌可经血液、淋巴道、邻近组织器官感染蔓延或穿刺操作进入甲状腺。大部分病例继发于上呼吸道、口腔或颈部软组织化脓性感染的直接扩散，如急性咽炎、化脓性扁桃体炎等。少部分病例继发于败血症或颈部开放性创伤。营养不良的婴儿、糖尿病患者、身体虚弱的老人或免疫缺陷的病人易发。梨状窝瘘是引起儿童急性甲状腺炎的主要原因。甲状腺血流丰富，含有高浓度的碘剂，碘剂有较强的氧化作用，所以甲状腺很不容易感染，多数感染是因为极度劳累、营养不良、身体抵抗力明显下降所发生的，另外急性化脓性甲状腺炎多发生在异位甲状腺患者，如发育不全的梨状窝篓患者。病毒感染非常罕见，但已有数例AIDS病人患甲状腺巨细胞病毒感染的报道。
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