大肠癌须与其他一些具有腹部肿块、腹部绞痛，直肠出血或大便习性改变等症状的肠道病变相鉴别，包括大肠的良性肿瘤或息肉要产病变如腺瘤、炎性息肉、幼年性息肉、肠壁脂肪瘤、血管瘤、平滑肌瘤等；大肠各类炎症性疾病如溃疡性结肠炎、Crobn氏病、阿米巴肠炎、日本血吸虫病、肠结核、结肠憩室炎、阑尾炎周围炎症性包块、放射性肠炎、性病性淋巴肉芽肿等，良性直肠、肛管疾患如痔、肛裂、肛瘘等。其他如肠套叠、乙状结肠粪块积贮及罕见的肠道子宫内膜异位症等亦属于鉴别之列。由于大肠癌症状并不特异，与肠道多种疾病临床表现相重叠，故在临床诊断中多采取主动性诊断方式，排除诊断法少用，对于可疑患者，详细询问病史后仔细检查，配合纤维结肠镜或X线钡餐灌肠及病理活检往往能作出明确诊断。结肠癌主要应与结肠炎症性疾病鉴别，包括肠结核、Crohn病、溃疡性结肠炎、血吸虫病肉芽肿、阿米巴病肉芽肿等。
此外，还应与原发性肝癌、胆道疾病、阑尾脓肿相鉴别。直肠癌应与菌痢、阿米巴痢疾、痔、血吸虫病、慢性结肠炎等相鉴别。
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