1、贲门失弛症：病人年轻，吞咽困难病史长，但仍能保持中等的健康状况，X线食管造影可见对称光滑的贲门上方漏斗形狭窄，及其近侧段食管高度扩张。
2、下段食管炎：常伴随有裂孔疝及胃液反流，病人有长期“烧心”，反酸史，体态多矮胖，炎症时间长引发瘢痕狭窄，出现吞咽障碍，X线钡餐表现下段食管及贲门狭窄，黏膜可以不整，食管镜检查可见炎症肉芽和瘢痕，肉眼观察有时与癌不易区分，反复多点活检如一直为阴性结果即可确诊。
3、消化性溃疡：上腹部不适，轻度食后饱胀，消化不良，或心窝部隐痛等，都易与贲门癌相混淆，且消化道溃疡出血与贲门癌出血难以鉴别，胃镜活检确诊率较高。
贲门癌的鉴别诊断包括贲门痉挛（贲门失弛缓症），食管下段慢性炎症导致的狭窄，以及贲门部消化溃疡等，贲门痉挛病例的临床特点是年轻，病史长，吞咽困难病史长，但仍能保持中等的健康状况，X线食管造影可见对称光滑的贲门上方漏斗形狭窄及其近侧段食管高度扩张。
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