蚕食性角膜溃疡的诊断是排除性的，尽管角膜溃疡有典型的形态，但必须排除其他几种周边性角膜溃疡，因为周边性角膜溶解和环形浸润也见于胶原血管性疾病，例如类风湿性关节炎，结节性动脉炎，系统性红斑狼疮，Wegeners肉芽肿等疾病，在上述全身性疾病中，角膜溃疡也表现为周边角膜的浸润，沿角膜缘进展或向角膜中央发展，然而，胶原血管性疾病的病史和阳性的血清学检测结果（包括类风湿因子，抗核抗体，抗中性粒细胞胞浆抗体等）均有助于与蚕食性角膜溃疡相鉴别。
合并有睑缘炎的葡萄球菌性周边性角膜炎与蚕食性角膜溃疡的鉴别在于前者无明显眼痛，在角膜浸润和角膜缘之间有一透明区，局部应用皮质类固醇治疗后溃疡迅速好转。
Terriens周边角膜变性是一种周边角膜变薄的疾患，通常位于上方周边角膜，双眼发病，一般不伴有眼痛和炎症，角膜上皮完整，变薄区缓慢向角膜中央进展，但很少累及中央角膜，没有穿凿样边缘，脂质沉着通常见于角膜变薄区的前缘，常伴有角膜新生血管。
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