肾结核及肾肿瘤
肾结核及肾肿瘤可有肾区疼痛及压痛、镜下血尿等临床症状，应与肾及输尿管结石相鉴别，前者很少有绞痛，B超及X线检查可助鉴别。
急性阑尾炎
右侧输尿管结石时的右下腹部疼痛易与阑尾炎混淆，需鉴别。急性阑尾炎时腹痛有像结石那样严重且呈持续性，局部有压痛、反跳痛和肌紧张，可有发热及白细胞计数升高，尿液检查可无红细胞，B超和X线检查可无结石阴影。可与前者鉴别。
胆石症
右肾结石需与胆石症相鉴别，胆结石主要是右上腹痛且向右肩和背部放射，B超及胆囊造影可发现结石阴影，可助鉴别。
急性肾盂肾炎
急性肾盂肾炎可有血尿，应与肾及输尿管结石相鉴别，但前者有发热等中毒症状，B超及X线检查可助鉴别。
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