甲状腺结核临床表现缺乏特异性，加之既往无结核病史，故在未获得病理诊断前，不容易确诊。临床上需要与之鉴别的甲状腺疾病有：
1.亚急性甲状腺炎 本病好发于女性，是病毒感染后引起甲状腺滤泡破裂，胶质溢出造成，病程较长。核素扫描可显示冷结节，难与甲状腺结核鉴别。用甲状腺素或左甲状腺素治疗后症状可缓解，且有自愈的倾向。
2.慢性甲状腺炎 主要是淋巴性甲状腺炎和侵袭性纤维性甲状腺炎，特别是后者可表现硬实的甲状腺结节，不易与增生型甲状腺结核鉴别。
3.甲状腺腺瘤或甲状腺癌 甲状腺癌转移到颈淋巴结而误诊为淋巴结核并不少见。相反，亦有颈淋巴结核与甲状腺癌同时发生，也有些甲状腺结核合并颈淋巴结核，而被误诊为癌肿，Rankin分析21例误诊的甲状腺结核时发现，12例误诊为毒性弥漫性甲状腺，4例误诊为甲状腺腺瘤，4例误诊为慢性甲状腺炎，1例误诊为甲状腺囊肿并出血。高方报道的6例甲状腺结核均在手术前皆被误诊，其中误诊为甲状腺瘤4例，甲状腺癌1例，急性化脓性甲状腺炎1例。
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