1、念珠茁性阴道炎应与滴虫性阴道炎鉴别：后者主要表现为阴道分泌物增多，为黄白色或黄绿色泡沫状分泌物，带有臭味，伴有剧痒，直接镜检可查到活动的毛滴虫，或涂片染色法可查到毛滴虫体的虫体。
2、口腔粘膜念珠菌病应与，腔粘膜台斑病、扁平苔藓、二期梅毒鉴别：
(1)口腔扁平苔藓：损害常见于颊粘膜后侧、舌腹侧、舌背、齿龈、腭部及咽喉部，皮损为树枝状或网状银白色细纹及小丘疹，对称分布，口唇部可有轻度糜烂、渗出，有明显的粘着性鳞肩。真菌直接镜检为阴性。
(2)粘膜白斑病：多见于中年男性，主要发生于颊、唇、舌粘膜、硬腭、齿龈等处。皮损为白色斑片，单发或多发，界限不清，边缘稍隆起，无自觉症状。组织病理为上皮不典型增生，真菌直接镜检为阴性。
(3)二期梅毒：约1／3的二期梅毒息者可出现粘膜斑，皮损发生于唇及颊的内侧、舌、咽、扁桃体、喉部。主要表现为粘膜红肿、糜烂，上覆灰白色渗出物，边缘有一暗红色晕，无自觉症状。粘膜斑内含有大量的拇毒螺旋体。
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