主动脉瓣关闭不全应与下列疾病鉴别：
1、肺动脉瓣关闭不全：本病常为肺动脉高压所致，此时颈动脉搏动正常，肺动脉瓣区第二心音亢进，胸骨左缘舒张期杂音吸气时增强，用力握拳时无变化，心电图是右心房和右心室肥大，X线检查肺动脉主干突出，多见于二尖瓣狭窄，亦可见于房间隔缺损。
2、主动脉窦瘤破裂：本病的破裂常破入右心，在胸骨左下缘有持续性杂音，但有时杂音呈来往性与主动脉瓣关闭不全同时有收缩期杂音者相似，但有突发性胸痛，进行性右心功能衰竭，主动脉造影及超声心动图检查可确诊。
3、冠状动静脉瘘：多引起连续性杂音，但也可在主动脉瓣区听到舒张期杂音，或其杂音的舒张期成分较响，但心电图及X线检查多正常，主动脉造影可见主动脉与冠状静脉窦，右心房，室或肺动脉总干之间有交通。
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