尽管葡萄球菌感染后可出现多种后继免疫反应，并且曾经尝试制造葡萄球菌菌苗，葡萄球菌类毒素等免疫制剂，但至今尚未证明任何一种免疫性预防措施是有效的。
有人主张治疗带菌者，用鼻咽拭子采样后培养结果阳性的人可予每天口服利福平0.45～0.6g，连服5天，或与其他敏感的抗菌药物合用可明显地减少葡萄球菌的感染，在6～12周后根据个体的具体情况，必要时重复一个疗程，亦有应用抗生素如杆菌肽或新霉素滴鼻液，莫匹罗星或杆菌肽软膏搽鼻前庭部局部治疗的报道，医护人员应严格无菌操作技术，做好病区内消毒隔离，接触每一病人后要洗手。
对于有葡萄球菌感染病灶者，尤其是感染医院内耐药菌株者应进行隔离，阻断传染源和传播途径，相关医护人员同时行鼻咽拭子培养，若培养出同一型细菌，则医护人员亦属医院内葡萄球菌感染有关的带菌者，必要时应更换工作岗位。
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