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新生儿先天性巨细胞病毒感染者占全部新生儿的0.5%～2.5%，其中临床有异常表现者占15%～33%，10%发生永久性损害。初次感染对胎儿的致畸作用更强，致畸率可达31%～40%。所幸这种感染发生的机会不高，只有4%左右。孕妇感染后除可导致流产、早产、死胎、死产、胎儿宫内发育迟缓外，还可导致出生缺陷。母亲原发感染后，后代感染的概率为40%(24%～75%)。其中，10%～12%患儿出生时有症状，表现为巨细胞包涵体病，具体症状包括：高胆红素血症、肝炎、肝脾肿大、出血点、脑畸形(常见的是脑室周围钙化)、脉络膜视网膜炎。有症状的患儿当中，40%～58%有远期后遗症，最常见的感音神经性耳聋，占10%～15%。出生时没有症状的婴儿当中，约13.5%有后遗症，主要是感音神经性耳聋以及认知和神经损害症状。母亲复发感染后，后代感染的概率为1%，多数受感染患儿没有症状，有不到10%的患儿有远期后遗症，主要是耳聋和小头畸形。
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