本病是累及全身多系统的疾病，临床表现多样化。随着抗生素的广泛应用和病原微生物的变迁，临床表现更趋不典型，归纳起来，可有三方面：
1.全身感染症状
一般起病缓慢，可有长期不规则发热伴感染中毒症状，如疲乏无力，食欲减退、体重减轻及面色苍白等，或可见皮肤、黏膜瘀点。
2.心脏症状
原有先天性心脏病或风湿性瓣膜病者其杂音性质可因心脏瓣膜赘生物而有所改变或出现新的杂音，其特点是高调且易变。
3.栓塞及血管症状
如皮肤瘀点、指和趾尖的痛性结节、手脚掌无痛性出血性结节、眼底出血点等。由于先天性心脏病导致的栓塞多起源于右心，常可致栓塞性肺炎，表现为剧烈胸痛、气急、咯血，并可在短时间内屡次发作。风湿性心脏瓣膜病者，赘生物多发生在左心，故可引起脑、肾、脾、皮肤及四肢栓塞现象。
同时具有以上三个方面症状的典型表现者不多，部分患者无原发心脏病变，全身中毒症状掩盖了心内膜炎的症状，患儿有败血症，伴有皮肤感染、肺炎、脓胸，肠炎及骨髓炎等，仅少数患儿有栓塞症状或心脏杂音。
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