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甲减患者需用甲状腺激素剂替代治疗，而且常为终身治疗。甲状腺制剂有左甲状腺素钠(L-T4)，三碘甲状腺原氨酸(L-T3)及甲状腺片，三者强度比大约为0.1mgT4=25μgT3=40mg甲状腺片，此外尚有Euthroid(每片含T40.06mg，T315μg)，Thyrolar每片含T40.05mg,T312.5μg)。国内常用制剂为甲状腺片。由于T3对心脏的直接刺激，而T4可以更具自身的需要在周围转化为T3，目前市场上已没有T3制剂了。
贫血患者除甲状腺制剂替代治疗外，应按贫血类型补充铁剂，维生素B12，叶酸等。胃酸缺乏者应补给稀盐酸。
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