治疗胃肠炎最重要的是补充水和电解质。通常患者只需卧床休息并饮用足量的水分（如口服补液盐溶液）即可。即使是呕吐的患者也要尽量多饮水。哺乳期的婴儿应继续哺乳。碳酸饮料、茶、运动饮品、含咖啡因的饮料及果汁并不适于补液。如果呕吐或腹泻持续时间较长或有严重脱水，有必要进行静脉补液。呕吐剧烈时可加用止吐药。如果腹泻持续时间超过24～48小时并且没有迹象表明有更严重的细菌感染，可加用止泻药。通常儿童不建议使用止吐药和止泻药。
由于抗生素可能会引起腹泻或促进耐药菌生长，即使胃肠炎的致病菌已经明确，抗生素通常也不建议使用。但是，某些病原菌（如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等）感染或患者有旅行者腹泻，可使用抗生素。
对于病毒感染所致的胃肠炎，抗生素并无效果。寄生虫感染所致胃肠炎需使用抗寄生虫药物。
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