预防保健科设科室办公室、麻风病门诊、太和住院部三个部分，全科共有人员11人，其中医生6人，护士4人，其它专业技术人员1人（其中主任医师1人，主任统计师1人，中级职称1人）。
预防保健科办公室主要负责全市性病麻风病面上防治的工作及本所院内感染控制及职工健康保健等工作的组织与实施；负责广州市社会人群皮肤性病防治知识宣教与行为干预的实施与督导；负责广州市各级各类医务人员麻风病性病防治知识、诊疗规范及规范化实验室等培训，性病、麻风病及其他传染病疫情报病、管理及培训等工作；广州市12个区（市）的二级全员培训。麻风病门诊主要负责对广州地区12区（市）麻风病人的诊治、鉴别诊断、随访、线索调查及普查等疫情管理与监测的业务指导。太和住院部主要负责广州市麻风病休养员的医疗生活管理和保健，有一套完善的生活和医疗保健的管理和保障制度。
预防保健科在全市性病麻风病防治工作中成绩突出，连续2年获得了“广东省性病麻风病综合防治先进单位”称号。
    2009年11月至今，预防保健科为广州市公安局太和收教所、槎头妇教所的近千名在教学员进行了3次性病皮肤病健康宣教及干预；对数个发廊、按摩院的近百名工作人员进行了多次现场干预。为性病高危人群获取正确性知识及提高性病防范意识提供了有力支持。2010年5月至11月，先后在中山大学、华南理工大学、华南农业大学等十所高校举办了主题为“美丽迎亚运，健康伴你行” 的性病预防知识系列宣教及干预活动，干预在校大学生近3万人，为广州的大学生的身心健康做出了应有的贡献。
    2010年5月至今，预防保健科先后在萝岗区、天河区、黄浦区、增城市、越秀区、南沙区、荔湾区、白云区、花都区、海珠区、从化市举办了《麻风病、性病防治知识培训班》为各区（市）的近千名基层皮肤病性病、妇产科、泌尿科医生及疫情报告员进行了专业知识培训，提高了其性病皮肤病诊疗水平及疫情监测能力，进一步健全了全市性病麻风病防治三级网络，切实的将性病麻风病防治的各项工作更具体更准确的落到实处。2010年底还将举办《广州市性病防治及行为干预临床医师培训班》、《广州地区麻风病防治培训班》、《广州市性病防治检验技师培训班》。