随着我军女兵人数不断扩增，军区机关女性比例也在逐步增加，为满足军队女兵以及地方百姓需求，上世纪90年代以来，南京机关医院妇科中心就成为了医院重点建设5大特色科室之一。医院妇科中心在部队领导班子带领下，坚持以科学发展观为指导，以全军医疗资源为依托，紧紧围绕国家“十五”科技发展规划和国家创新体系建设目标，长期肩负着南京乃至整个江苏省女性健康导航的重要职责。
医院妇科中心率先引进国际大型尖端诊疗设备，凝聚高水平、高学历、经验丰富的妇科人才梯队，大力推进部队高新科研基地建设，国际前沿微创技术成果的临床应用，实现了妇科中心科研及临床诊治水平的跨越式发展，造就了全军微创领先强势学科！
医院妇科诊疗特色鲜明，享誉全国军区内外，年完成门诊量4万余人次，收治军、地患者35000余人次，临床康复病人高达数万，病人收治量每年以两位数的增长率持续递增，为保证地方基础医疗工作，组织重大战备医疗提供了坚实保障。
收费标准：严格执行国家标准收费打造优质平价医院
南京机关医院作为军区大型公立甲级医院，严格执行国家收费标准，杜绝诸如私立医院、诊所等随意抬高药品价格、乱收费、滥用药物等现象发生，平价不平质，全面保障患者权益。
医院大厅有国家各项医疗药品收费标准展示牌，可供患者进行查询。另外，政府和医保部门纳入的药物皆可按照国家标准予以报销。
高精设备：国际宫腹腔镜系统打造国内微创妇科专业典范
作为南京军区重点建设科室，近十年来，医院妇科中心斥巨资引进了大批国际大型高端妇科诊疗设备，总价值高达12亿元！国际超标准层流净化手术室：空气洁净度高达99。98%，配备电动手术床、麻醉机、呼吸机、12孔冷光源无影灯、心电监护仪、高频电刀、腹腔镜等，无痛、微创的完成各种复杂的医疗手术，手术感染率降低为0。
全球高端妇科治疗设备：法国电子数码阴道镜、新帕氏TCT宫颈癌前检测系统、奥洛克超导多弹头系统、数码电子宫腹腔镜、乳腺钼靶X光机。
配套诊疗“装备”精良：B（彩）超、全自动生化分析仪、血球计数仪、Hp呼吸测试仪、全自动血细胞分析仪、全自动生化分析仪、血凝仪、酶标仪、洗板机、细菌培养室、药敏试验室、日本奥林帕斯高倍电子显微镜等。
其中，数码电子宫腹腔镜、奥洛克超导多弹头系统等部分国际前沿尖端诊疗设备，目前，全国仅有中国国家卫生部联合国家计生委、全国女性健康委员会、中国疾病预防控制中心等多家权威机构联合认证的少数具备专业认证资质的大型公立甲级以上医院方可开展。
诊疗范围：妇科特色显明，全力为南京女性健康护航
南京机关医院妇科中心开设八大特色专科--妇科炎症、计划生育（人流）、宫颈疾病、卵巢疾病、乳腺疾病、女性性病、不孕不育、妇科整形。可开展各种计划生育手术（取、上环，人工流产，无痛人工流产，诊刮）、宫颈病变筛查及治疗（薄层细胞涂片，HPV-DNA二代杂交捕获检测，阴道镜，TCT、微波、奥洛克手术、LEEP刀宫颈锥切，宫颈微波治疗等）、宫腔镜检查及宫腔镜下部分手术等多项妇科诊疗技术，在宫颈癌及癌前病变的早期诊治中起到了积极的作用。南京机关医院是军中较早开展阴式子宫全切及妇科各种整复性手术的甲级医院之一，在妇科内分泌疾病、不孕不育诊治方面技术独到，遥遥领先！以无痛、微创、精准、无并发症深受业界同行高度赞誉和广大女性患者欢迎。
【无痛人流】美国D-MIT数字化保宫人流：国际妇婴组织全球推荐
【宫颈疾病】美国奥洛克系统：八大权威机构认证治宫颈糜烂金标准
【妇科炎症】酸碱平衡疗法：快速、彻底治愈各类妇科炎症
【女性不孕】美国COOK导丝介入术：全球重点推荐治疗不孕术
【处女膜修复】第三代韩式处女膜修复术：来自韩国，风靡亚洲
【阴道紧缩】韩式无痕阴道紧缩术：获韩国生殖整形金奖
【盆腔积液】中西四联康复疗法：全方位解决盆腔积液，盆腔炎
【月经疾病】绿色综合疗法：全面解除月经不调、内分泌失调
特色专科：发展特色专科，创全军重点妇科病临床研究中心 医院贯彻军区司令部指示：大力发展科技密集的优势，短期内形成“人有专长，科有特色，院有优势”的特色。
计划生育特色诊疗
科室简介医院计划生育中心把“开展安全的人流手术及服务”视为最好的军令状，也是全军计划生育、优生优育技术中心。医院引进国际最前沿人流术--德国WOLF宫腔镜取胚术，突破万例手术无事故目标，并在全军大力推广，被江苏省、南京市政府评为“计划生育先进单位”。并荣获国家计生委颁发的“南京计划生育指定人流机构”、“南京专业人流医院”等荣誉称号。
特色技术美国D-MIT数字化保宫人流——国际妇婴组织全球推荐最安全人流术
科室领头人：万例手术无事故专家——张士香主任
宫颈疾病特色诊疗
科室简介医院是“全军宫颈疾病临床康复单位”，并被纳入美国飞尼斯宫颈修复临床单位。在江苏地区率先引进国际治疗宫颈糜烂金标准技术--“美国奥洛克系统”，在微创治疗宫颈疾病的技术已经达到国际先进水平，并获得“军区科技成果杰出贡献奖”等荣誉称号。“奥洛克系统”彻底颠覆了传统治疗宫颈糜烂以复发的难题，在最短时间内彻底治愈糜烂，并独具不伤宫颈、不留痕迹、无痛苦等八大优势，医院已经让7000例宫颈糜烂患者康复。
特色技术：美国奥洛克宫颈修复系统，只除糜烂不伤宫颈。
科室领头人：《国家宫颈疾病资格认证》韩兵主任
