南京机关医院肛肠科是国家重点肛肠疾病治疗研究中心，也是全国十大肛肠诊诊基地，是南京最权威的肛肠疾病治疗研究中心，医院援有20余名20-35年临床经验专家，也是南京肛肠专家医院。南京机关医院肛肠外科秉承打造南京肛肠医疗第一品牌的发展理念，坚持“专家立院”的发展方针，汇聚了来自广州、上海、北京、天津、武汉等地临床经验丰富、专业技术突出的知名专家以及教授、主任医师等常年在我科室坐诊。并以京、沪、粤、以及台湾等地著名资深肛肠病专家为核心，同国内国际多家医院及学术机构建立了广泛的学术联系平台。同时，南京机关医院肛肠外科依托军医强大的自身优势，引进国内外先进医院管理经验、先进仪器设备和先进治疗理念，秉承一切为了患者，为了患者的一切的基本方针，坚持中西医结合、男女分诊的基本治疗体系，以及依托医院强大科研力量，不断创新诊疗方法，全心全意致力于为患者解除病痛，全力打造“让社会放心、让患者满意、让员工骄傲”的高标准国际化肛肠专科治疗中心。目前医学记载肛肠疾病达七十余种，其中发生在肛门直肠肠段最多，如痔疮、肛裂、肛痿、肛周脓肿、肛乳头瘤、肛隐窝炎、肛门狭窄、肛门失禁、肛门湿疣、肛门湿疹、肛门瘙痒症、肛门周围神经性皮炎、肛门接触性皮炎、肛门癣、肛门闭锁、肛管炎、耻骨直肠肌综合症、骶尾部畸胎瘤、肛管癌、肛管皮肤缺损、直肠尿道痿、蛲虫病、直肠癌、直肠类癌、直肠息肉、脱肛、直肠前突、直肠炎(溃疡性、放射性、淋菌性、非淋菌性、非特异性等)、克隆氏病、直肠阴道痿、直肠内套叠、粪嵌塞、肛门直肠神经官能症、孤立性直肠溃疡综合症等疾病。