传染科始建于1950年，2008年更名为感染性疾病科，为综合性传染病诊疗中心，设有床位60张，现有医护人员15名，科室承担着三十多种法定传染病的诊治，擅长各型肝炎、出血热、流脑、乙脑、性病、艾滋病等法定传染病的诊断、治疗，尤其在各种疑难、危重病症的诊断与治疗方面效果突出。肝病、传染病专业为重点专科。为济宁医学院、滨洲医学院学士及研究生临床教学基地，省、市级城镇居民医保及新农合定点医疗机构，在近50年的历史发展进程中，尤其在张卫华副主任医师带领下发扬励精图治、艰苦创业的精神，使学科设置更趋合理、更加完善，学科特色更加明显。感染性疾病科逐步发展成为以肝病、肺病诊疗为龙头，拥有雄厚技术力量、先进设备、优美环境的综合性科室。医院设备精良，拥有国内一流诊疗设备，如彩色超声诊断系统、大型全自动生化免疫分析系统、磁共振系统、螺旋CT、数字化X线、心电监护仪、呼吸机、介入等大型高、精、尖诊疗设备，担负着传染病医疗、教学、科研、预防、保健和信息研究等任务。负责疑难传染病的会诊、转诊和收治工作及艾滋病的治疗工作。突发性公共卫生事件指定诊疗科室。