北京同仁医院中医科成立于同仁医院建院初期，曾涌现出翟济生、董怀一等数位国内知名老中医，现有在职专家两名，退休返聘专家九名，著名老中医孔嗣伯专家（中国近代“四大名医”孔伯华三子）现在中医特需门诊出诊。科室目前有在职职工11人，临床治疗专长覆盖内外妇儿诸科，可应用中药治疗各种眼科疾病，肾病、心脑血管、呼吸系统、消化系统、内分泌系统等内科杂病，肿瘤、 妇科、外科、皮科、儿科、男科等疾病，对现代人工作生活压力大造成的慢性疲劳综合症、抑郁焦虑状态、亚健康状态也有很好的综合调理治疗。除医疗任务外，中医科还担负北京首都医科大学、北京京华医科大学等医学院校医学生的中医教学及临床实习。
　　为适应社会各阶层的不同医疗需求，2004年起中医科在同仁东院开辟中医专家特需服务，采取门诊预约，助理协诊形式，为国内外疑难病患者提供服务。2005年起在同仁医院亦庄南院开展中医针灸门诊。
　　门诊草药来源于同仁医院三产怡然堂药店，是东城区优质示范药店，药品品种齐全，现有中药饮片及 名贵细料药500余种，所有药品供货单位均为国家GMP认证饮片生产企业，药品调剂人员持证上岗，可代煎中药，异地邮购，确保患者得到优质可信的服务。