外科：外科拥有专业技术人员20名，其中副高级职称1人、中级职称6人,开放病床50张。科室分设有脑外、普外、肛肠外科、肿瘤、泌尿、乳腺、烧伤整形等专业组。其中，脑外科开展了国家卫生部十五攻关项目高血压脑出血微创清除术、颅内肿瘤切除术、脑挫裂伤减压术，目前完成开颅手术500余例。普外科开展肝、胆、脾、胰、胃、肠、食道、肺、局麻下疝修补术等常规手术，并于2004年开展腹腔镜下胆囊、阑尾、肝囊肿切除术，目前完成腹腔镜手术1200余例（其中，经脐单孔腹腔镜胆囊切除术12例）。2007年又成功完成胰头癌根治术4例（其中胰十二指肠胰头切除联合门静脉置换手术1例）、全胃切除术3例、低位直肠癌保肛根治术5例。2010年，吉木萨尔县人民医院外科被新疆维吾尔自治区卫生厅确定为第二批中央补助地方包虫病防止项目外科手术救助新疆定点医院。

    现已开展肝叶切除术40例以上，肝囊性包虫病手术247例（其中，2010年1—5月开展包虫病外科规范化手术12例）。除开展常规泌尿手术外，还开展膀胱癌根治术、前列腺摘除术、腹腔镜下肾囊肿切除术、肾盂输尿管切开取石术、精索静脉结扎术。自2004年开展前列腺增生汽化电切术至今，已完成200余例手术。肛肠科利用手术及药物注射法治疗各种痔疮、肛肠等疾病。科室以“扶伤济世、敬德修业、青春建功”为服务、发展理念，不断提高医疗技术水平，改善服务质量，全心全意为广大农牧民群众健康服务。2009年，被州团委评为“青年文明号”称号。