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内镜室配备有日本奥林巴斯电子胃镜和日本富士能电子肠镜。
胃镜检查适应症有：（1）有上消化道症状，需做检查以确诊者（2）不明原因上消化道出血者（3）疑上消化道肿瘤者（4）需随诊的病变，如溃疡病、萎缩性胃炎、息肉病等（5）需内镜治疗者（6）胃切除术后及胃镜治疗术后需定期复查者。
肠镜检查适应症有：（1）不明原因的下消化道出血（2）不明原因的慢性腹泻（3）不明原因的低位肠梗阻（4）疑大肠或者回肠末端肿瘤（5）大肠息肉、肿瘤、出血等病变需做肠镜下治疗（6）结肠术后及结肠镜治疗术后需定期复查者（7）大肠癌普查
