南京市中西医结合医院骨科是国家中医药管理局肺外结核专病建设单位、南京市中医重点专科。主要承担全国范围内骨与关节结核诊治、城东地区及周围郊县骨伤急救处理、骨肿瘤、骨病治疗工作。并建有骨结核、腰腿痛、关节炎专科。该科应用中西医结合方法治疗骨与关节结核已有30多年历史，在手术病灶清除的基础上，应用中药清热解毒、活血化瘀、内外兼治的方法，治疗骨与关节结核及脊柱结核合并截瘫疗效显著。对胸、腰椎结核形成的寒性脓肿及复杂性窦道、瘘管探索了一整套系统的中西医结核治疗方法。结核性窦道是目前医学界中一大顽症，该院应用中药“拔瘰丹”及“窦愈灵”外用治疗久治不愈的窦道，杀菌生肌、拔管祛腐、闭合窦道、配合“骨痨片”、“骨痨汤”内服，扶正固本，增强免疫力，均达痊愈出院，为3000余例重症骨与关节结核患者解除了病痛。

    该科近10年来根据不同的适应症，选择不同的方法治疗腰椎间盘突出症，取得满意疗效。应用三维牵引加中药熏蒸、经皮穿刺髓核旋切法、小切口开窗法髓核摘除术治疗腰椎间盘突出症5000多例，深受南京市及周边省市患者的欢迎。现已形成中西医结合系列化治疗慢性腰腿痛、颈椎病，使病人免受手术之苦。目前该科引进了国际先进的手术牵引床，C型臂X光机，开展了脊柱内固定系列治疗胸、腰椎暴裂型骨折及截瘫的治疗，一期双侧人工全髋关节置换术。

    骨科学科带头人、全国颈肩腰腿痛研究会理事、江苏省中医药学会骨伤科专业委员会副主任委员、主任医师孔晓海主持的《三维多功能牵引床治疗腰椎间盘突出症》课题，于2000年获江苏省卫生厅医学新技术引进二等奖，《窦愈灵中药制剂治疗复杂性窦道临床研究》于2002年获南京市科技进步三等奖。