中国人民解放军海军总医院儿科组建于1954年，经过近50年的发展，现已成为国内实力较强的，集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室。目前是中国红十字会“蓝飘带基金”唯一指定资助定点单位，不仅对接受化疗的小儿白血病患儿，接受造血干细胞移植的血液病、遗传代谢病、免疫缺陷病、自身免疫病(如红斑狼疮、皮肌炎、类风湿关节炎等)患儿予以治疗资助，而且对新生儿确血缺氧性脑病、小儿脑瘫、各种原因的智力障碍及其它原因小儿脑病治疗予以资助。
现设病床50张，护士23名，医师12名，其中高级职称5名，具有研究生以上学历者11人。在全体工作人员的不懈努力下，科室发展较快，尤其近几年医疗水平取得跳跃式的提高，部分项目已达到或接近国际先进水平!
除普通小儿内科疾病的诊治外，在小儿血液病、儿童性早熟、新生儿缺血缺氧性脑病以及小儿脑康复等疾病的治疗和研究上取得良好效果，已形成儿科的特色医疗项目。造血干细胞移植及神经干细胞移植，已形成细胞治疗为主的特色科室。1999年成功进行北京市第一例脐带造血干细胞移植，2005年成功进行世界首例新生儿围产期脑损伤的神经干细胞移植，目前已成为全军和我国北方地区最大的儿童造血干细胞移植中心，首家儿科神经干细胞移植单位。亦是国内外第一家同时开展两个胚层来源的干细胞移植单位，在相关领域分别达到国内外先进水平。