1960年5月成立病理科，6月正式开展病理诊断工作，病理医师戴洁做第一例尸检，病理检验证实为肺部小细胞未分化癌。1966年1月，外科成功地做了第一例肺癌切除术后，由于对肺癌病理诊断研究的成功，1980年与肿瘤科和放射科共同获得云南省科学技术三等奖。到1986年，病理科有照相显微镜、半导体病理切片冰冻机等设备，可以做各种疾病诊断。1993年～2004医院投资70余万元为科室配置恒冷式冰冻切片机、图文分析系统、石蜡切片机、自动脱水机等7台重要的病理诊断工作站，为病理检验创造了更好的工作条件。病理科对癌症的病理分析诊断结论，获得国内同行与美国国立癌症研究所的认可，从二十世纪60年代至2004年共出病理报告3万余例，其中诊断为肿瘤的1.5万余例，为临床提供了充分、可靠、详实的诊断依据。
