胃镜室拥有日本奥林巴斯GIF—V70电子纤维胃镜两台，cF—V70I电子纤维结肠镜一台，高频电刀一台。电子胃镜是检查上消化道、结肠镜是检查下消化道的高科技设备，图像清晰，分辨率高，镜身细，能有效提高诊断率。而且能直视下做活检、止血、息肉摘除、取异物、扩张、套扎、胃结肠扭转复位等治疗，上述治疗可避免剖腹手术。该科室还开展了无痛苦胃镜，使患者在短暂睡眠的状态下接受检查，特别适合高血压、心理紧张的患者。
在胃镜检查的同时，另配备有尿素[14C]呼气试验，主要是检查幽门螺杆菌发病情况，幽门螺杆菌是溃疡和胃炎的罪魁祸首，也是世界卫生组织认定的胃癌第一致癌原。
