感染科成立于1978年，是南京市综合医院中最早成立的感染病科，目前床位30张，南扩改建后床位60张。现有医护人员23人，其中高级职称5人，中级职称6人，博士1人，硕士4人。每年诊治住院患者700余人次，门诊患者16000余人次。承担南京大学医学院和南京医科大学教学工作，并为南京大学、和南京中医药大学博士及硕士学位培养点。同时也是卫生部住院医师规范化培训的基地，常年培训指导轮转住院医师。科室的科研创新不断发展，近年更有质的飞跃，主持和参与国家、省、市级等科研课题10余项，科研经费近400万元，获得多项科技进步奖，并有两项国家发明专利；已在SCI杂志和统计源刊物发表论文100余篇。科室注重国际国内学术交流及人才培养，多人次曾在德国、日本、美国以及香港等国家和地区的大学或医院留学或进修，并建立广泛的学术联系。

    特色医疗

    1．不明原因发热的诊断和治疗：2000年在省内始率先开设针对感染发热的专家门诊；擅长综合应用微生物学、免疫学、分子生物学等知识和技术进行发热待查的诊断和鉴别诊断。
    2．难治性、复杂性感染的诊治以及抗生素的合理应用：对各种细菌性感染，包括耐药菌感染、免疫低下者感染、重症医院内感染等难治性感染的诊治具有丰富的临床经验，参加指导全省、市各级医院正确规范地使用抗菌药物。
    3．病毒性肝炎等肝病的诊治：较早开展了乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒等病毒的核酸诊断、乙肝病毒的耐药检测，在抗病毒治疗方面具有深入的研究；在药物性肝炎、自身免疫性肝病、不明原因肝损的诊疗上也具有丰富的经验。
    4. 脂肪肝专科门诊：对于脂肪肝及脂肪肝合并糖尿病、冠心病、高血压、高血脂患者的诊治具有丰富的临床经验，省内创办首家脂肪肝专科门诊，建立一套从生活指导、到规范诊疗及跟踪疗效评估，形成跨学科整体诊疗模式。
    5．重症肝炎的救治及肝移植的围手术期治疗：对重症肝炎、肝衰竭的抢救及综合治疗具有丰富的经验。应用血液净化人工肝支持治疗系统，为重症肝炎、各类终末期肝病患者提供了一项有效的高科技治疗手段。