1892年医院建院后即有药房，1951年底成立药材科，1989年更名为药剂科。目前是南京市医学重点专科、卫生部临床药师培训基地、南京大学附属鼓楼医院临床教学部临床药学教研室、中国药科大学临床药师培训基地。
    南京鼓楼医院药剂科现有工作人员120人，药学人员95人，占81%，其中中、高级以上职称41人，占42%，研究生以上学历13人，占10%，本科学历30人，占25%。设有科中心质量管理（QC）组、药品库房、临床药学室（包括抗菌药物管理办公、DR监测办公室、临床药师办公室）、6个调剂药房、2个静脉输液配置中心.临床药学教研室Ⅰ期临床试验室等组织结构。药剂科是以标准化供应管理药品、以优良药学专业服务为目的调剂药品、以合理用药为核心结合教学、研究和专职临床药师为一体的医院药学综合学科。
    南京鼓楼医院药剂科坚持以《医疗机构药事管理暂行规定》、《药品不良反应报告与监测管理办法》、《抗菌药物临床应用指导原则》、《处方管理办法》、《医院药师规范化培训大纲》、《麻醉药品和精神药品管理条例》等作为工作标准和指南。全科有科规章制度和各级人员岗位职责说明书及绩效考核评估标准，几年来巳经初步形成了一整套具有可操作和可考量的管理体系。
    南京鼓楼医院药剂科创办了《临床药事》内部专业刊物。承担厅级、市局级科研等项目6项和南京大学、每年在国家统计源期刊发表论文近三十多篇、获国家、省学术会议优秀论文多篇；承担南京大学、中国药科大学等高校的教学工作；历年药占比在43—44%左右。