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北医三院眼科中心位于北医三院院内，是2001年10月建成并投入使用的一座现代化眼科中心大楼，中心拥有众多国内知名眼科专家和教授，为国内眼科专业的带头人及学术骨干。
中心从国外引进齐全的现代化医疗仪器，如：相干光断层摄影仪、超声活体显微镜、白星白内障乳化吸出仪、多波长激光、YAG激光、治疗屈光不正的的准分子激光仪、数字化眼底照相机、飞点扫描视网膜摄象机、自动拼图软件。角膜地形图仪、自动视野仪、倍频视野仪、三维眼前房分析诊断的Seheimpflug成象系统等。
眼科北医三院眼科专业学种齐全，包括：玻璃体视网膜眼底病专业；白内障专业；青光眼专业；眼外伤白内障人工晶状体专业；角膜病专业；眼部成形及美容专业；斜视及小儿眼病专业；准分子激光角膜屈光手术专业；眼底病专业；眼视光医学专业
