南京医科大学第二附属医院消化医学中心是江苏首批唯一的卫生部消化内镜诊疗技术培训基地、江苏省临床重点专科、南京医科大学“十一五”重点学科、南京医科大学消化内镜研究所所在地，是南京医科大学消化及消化内镜专业博士、硕士研究生培养基地。中心由南京医科大学消化内镜研究所、消化内镜中心、消化内科病区和微创外科组成，其中消化内镜中心是目前江苏省规模最大、设备最全、开展项目最多的中心。病区共有床位80张（2个病区），专科重症监护病房病床4张。全中心有医护人员 64 人，其中，主任医师 5人，副主任医师 9人，博士7人，硕士13 人。本中心目前承担国家863项目、国家自然科学基金及卫生部基金4项，省、厅级及国家重点实验室开放基金资助项目13项，获中华医学奖、省、厅级科技进步奖10余项。获具有自主知识产权的国家专利5项。近年来，本中心以第一作者或通讯作者在Gastrointestinal Endoscopy、Cancer Letters、Didestive & Liver Diseases、Oncology Reports、Journal of Gastrointerology and Liver Diseases等杂志发表国内外论文70余篇，单篇论文被国外Endoscopy等杂志他引25次。
   
    近年来，我中心以发展消化系统疾病内、外科结合诊治为方向，以消化内镜诊治为特色，并以此带动整个消化学科的迅速发展。现已形成了“新型消化道内支架的研制及临床应用”、“胆胰疾病的内镜诊治”、“消化道肿瘤的基础研究”三大优势方向。
   
    我中心长期致力于内镜诊断与治疗技术的临床应用研究，为全国各地培养了大量的内镜医师和消化内科医师。近年来，连续举办省级和国家级系列学术活动，产生了积极的社会效益和影响力，尤其是促进了消化内镜诊断和治疗技术的进步。成功举办了“2004年全国消化病微创外科新进展学术会”、2008年南京ESD论坛暨消化内镜诊疗进展学术会等8次国家及省级学术会议和继续教育学习班。2007年，我中心成功承办由中华消化内镜学会和香港内镜学会联合主办的“第五届全国内镜外科学术会议”。
   
    当前，我中心作为医院的重中之重发展学科和特色学科，面临着良好的发展机遇，南京医科大学学校党委和行政工作计划明确指出：尽早将消化医学中心建设成为江苏省省级消化医学诊疗中心。