我院于1970年开展病理检查。科室现有职工8人，其中主治医师2人，住院医师3人，技师3人。当中还包括南京市卫生局病理质量控制管理委员会委员1名。
科室人员先后在南京军区总医院、江苏省肿瘤医院、鼓楼医院等综合性医院进修学习。并在核心期刊发表论著1篇。此外，还先后在江苏省肿瘤病理年会、苏北病理学读片会、中华医学会南京市病理学分会、华夏病理网等作学术报告。
病理科现占地面积约120平方米，下设标本报告收发室、取材室、制片室、诊断室、细胞室和资料室等。目前已有Olympus BX-51显微镜、Olympus BX-41全自动显微照片系统、液基学涂片制作系统、快速石蜡处理仪、全自动组织脱水处理仪等仪器设备。为病理组织处理与诊断、病理教学以及科研等提供了良好的条件。2009年，完成外科病理及胃镜活检病理诊断共8103例，脱落细胞学（包括穿刺、液基细胞学和组织印片）2601例。
