眼科是安徽省第二人民医院的传统优势专科，为落实中古两国领导人倡导的中古眼科技术合作项目，医院与古巴国家医疗服务中心合作建立的安徽中古友谊眼科诊疗中心开诊以来，已经成为安徽省目前唯一的实体性中外合作医疗项目，让处于世界医学前沿的古巴眼科诊疗技术与医院眼科传统优势学科相融合，在更高的层次造福广大江淮人民。
     2011年底，由古巴国家医疗服务中心选派的12名眼科医疗专家已来院从事眼科临床工作，涉及专科包括：白内障、屈光不正、眼科整形、视网膜脱离、视神经病变、小儿眼科、电生理、验光、眼科医疗设备工程等。由古方提供的价值4000余万元先进眼科专用设备在临床使用中发挥了巨大的优势作用。古巴专家通过LASIK及视网膜眼底手术展示的精湛技艺和专业素养受到了同行及广大眼病患者的充分肯定。2012年3月，由亚洲防盲基金会向安徽捐赠的价值240万港币的流动眼科手术车正式移交给医院，流动眼科手术车致力于为广大农村及偏远地区患者提供近距离免费或低价服务，同时也将培养出一批合格的基层防盲眼科专业医务人员。眼科技术已成为省第二人民医院为全省人民提供优质医疗服务的一个显著特征。
　  安徽中古友谊眼科中心专业齐全、临床技术突出、仪器设备先进、具有较高的诊疗水平，在激光治疗眼底病、难治性青光眼、复合性眼外伤、准分子激光角膜屈光矫正手术、玻璃体切割、视网膜脱离复位、白内障人工晶体植入、泪道疾病的治疗等方面居省内先进地位。中心现有员工40人，外籍专家12名，其中高级职称专业技术人员11人、中级职称专业技术人员9名、具有硕士学历人员7人；中心承担安医专的教学、培训工作，每年接受来自全省县市级的进修医生。开放病床60张，年门、急诊量达到2万人次以上，年手术量2500例。