随着近六十年的发展该科已成为一个独立而且功能齐全的专科。该科室承担着南京及周边地区绝大部小儿胃肠、肝胆、营养性疾病的医疗、教学、研科、预防等工作。住院床位48张。常年开设消化专科门诊及主任门诊，年门诊专科病人达万余人次，年收治病人近3千人次，治愈好转率达95.1 % 。
 
技术力量
　　科室现有正主任医师3名，副主任医师5名，主治医师3名，住院医师5名，护士25名。是一支人才济济，梯队合理、拥有博士后、博士、硕士组成的专科队伍。目前有博士生导师1人，硕士生导师2人，担任中华医学会儿科分会感染学组委员1人，中华预防医学会微生态学会儿科分会委员1人，江苏省儿科消化学组副主任委员及委员2人，南京医学会消化内镜分会委员1人、江苏省中青年学术技术带头人1人。目前承担省、市重点科研项目5项，承担南医大、南大医学院本科生、硕士生、博士生的培养工作。目前承担国家级、省（市）级科研项目4项。
 
专科特色
　　科室开展了电子无痛胃镜、超细胃镜、结肠内窥镜、食管压力测定、24小时食管PH及阻抗测定、胃肠电图、肛门、直肠测压、小儿肝脏穿刺活检术、13C呼气检查、幽门螺杆菌检查、粪便病原学检查、尿半乳糖等专科检测诊断项目及胃肠起搏、胃肠生物反馈治疗项目，主要诊治的疾病有：小儿急、慢性肠炎、过敏性腹泻、症状性腹泻；小儿胃炎、胃、十二指肠溃疡病、炎症性肠病、消化道出血、再发（反复）性腹痛；小儿呕吐、腹胀、便秘和厌食症；婴儿肝炎综合征、小儿代谢性肝病、小儿肠道病毒感染及营养不良等。在长期的临床工作实践中，消化专科的医护人员在儿童消化道疾病的诊治方面积累了丰富的临床经验，能熟练运用电子胃、肠镜技术和肝脏穿刺活检技术在胃肠、肝病疑难疾病的诊断，特别在先天性食管狭窄、胃溃疡、结肠息肉、消化道出血、巨细胞病毒感染、消化不良等诊治方面取得了较好的效果。
 
主要医疗设备
　　电子胃镜、超细胃镜、结肠镜、13C尿素呼气试验质谱仪、胃肠电图仪、食管压力测定仪、24小时PH及阻抗测定仪、肛门、直肠测压仪、生物反馈仪、胃肠起博仪。
 
科室主任：金 玉
科副主任：李 玫