内科为南通市临床重点专科，设有呼吸、消化、血液淋巴肿瘤等二级科室，拥有谭清和等省内外知名肿瘤化疗专家，擅长以化疗为主的综合治疗，能明显延长病人的生存期，改善生存质量。近年来相继承担了由卫生部、上海肿瘤医院、江苏省肿瘤医院组织的十几种抗癌新药的Ⅱ、Ⅲ期临床试验，采用的化疗方案和综合治疗手段均与省级肿瘤医院接轨，中心还设有南通市最高级别的无菌层流室两间，为造血干细胞移植及造血细胞因子支持下的大剂量和超大剂量化疗提供了有力保证，中心开展了南通市首例自体造血干细胞移植。
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