分院口腔内科是上海市口腔病防治院主要临床科室之一，位于复兴中路分院三楼，有临床治疗台10张，承担着牙体牙髓病和牙周病的临床医疗、教育、科研培训等多项工作，日门诊量超过200人次。有副主任医师两名，主治医师近10名，其中硕士以上学历4名。科室秉承医院优良传统和工作作风，崇尚良好的医疗道德风尚，发扬爱岗敬业与无私奉献精神，严格规范诊疗操作常规，拓展新技术新材料临床应用，为解除患者病痛，提高生活质量而努力。
    口腔内科共分两个专业组：牙体牙髓病组及牙周病组。牙体牙髓病组临床业务范围包括：龋病、牙髓病和根尖周病的诊断与系统治疗；牙齿硬组织缺损的诊断与治疗；外伤牙处理；牙本质敏感症综合脱敏治疗等。牙周病专业组对牙周炎患者进行系统序列治疗，包括基础龈上洁治、龈下刮治，各类松动牙固定术、各类牙周手术等，大大提高了患牙治疗的有效性。
    为了提高医疗服务质量，最大程度的解决患者的病痛，口腔内科不断开引进新设备，开展新技术、新项目。目前科室拥有牙齿动度测量仪、根管显微镜、镊钛机动根管预备系统、电子根尖定位仪、超声根管预备系统等国内先进的仪器设备，对于牙体牙髓病及牙周病治疗方面的疑难杂症如复杂弯曲根管的治疗、牙髓治疗失败病例根管再处理等积累了丰富的治疗经验与心得。
    作为院级重点学科，口腔内科还承担着本科生、专科生等多层次理论和临床教学任务，并参与多项国家级医学继续教育项目的授课工作。近5年来，口腔内科医务人员主持了一项市科委自然基金、四项市卫生局、多项院级科研课题的研究工作，在专业期刊上发表论文10篇。