中药房在解放初期隶属于药剂科，随着学科队伍的不断壮大，1985年起独立建科，下设中草药房、中成药房、中药库房3个部门。拥有副主任中药师2名，主管中药师5名，药师6名，中药士3名，药工若干名。其中本科生7人，大专生4人，中专生3人。高素质的专业队伍使药品调剂质量和服务质量得到有效的保证。

　　中草药房：有常用中草药品种400多种，是杭州市率先实行中草药小包装配方的医院之一。小包装中药饮片具有计量准确、质量佳、清洁卫生、经济实惠等优点，深受广大病员同志的欢迎。

　　中成药房：有中成药300余种，其中98%以上属于浙江省医保目录药品，皆为杭州市药品集中招标采购中标品种。各类剂型齐全，完全能满足临床各科的治疗用药需求。药品价格实惠，严格按物价要求执行， 其中单价在20元以下的药品占全部药品的50%左右。

　　中药库房：库房占地面积约300平方米，配备空调和除湿机，具有完善的药品储备条件。药品出入库完全根据ISO9000国际质量认证体系执行，能有效、及时地满足门诊药房的用药需求，保证临床用药安全。

　　不断完善药学服务，为患者提供代煎中药、用药咨询，每季免费为患者提供《临床中药手册》，指导安全、有效、合理地用药。