我院神经科始建于1947年，当时暂借用中央医院病房，开设神经科病床10张。1952年，我院正式建立了神经科病房，床位34张，为国内最早建立神经科和开设神经病学课程的单位之一。国内第一例气脑造影术以及第一台脑电图机的使用均来自我院神经科。多种神经科疾病如黑朦性痴呆、格林-巴利综合征等均有我科在国内首先报道。建科初期，在我国神经病学奠基人之一、著名神经病学家王慰曾教授带领下，神经科即以先进的设备及卓越的技术成为国家神经病学重要临床及教学基地，先后成为国家卫生部神经病学高级师资研修班及江苏省卫生厅神经病学进修培训基地，为我国培养了数以千计的神经病学专业人才，他们现多为我国神经病学界的精英。

    我院目前是南京医科大学附属医院、南京大学医学院教学医院；神经内科是国家教委神经病学博士、硕士学位授予点；江苏省卫生厅、南京市卫生局临床重点专科；江苏省135重点学科建设单位；是卫生部神经病学专科医生培训基地，江苏省神经内科专业医疗质量控制中心。多年来，中华医学会江苏省、南京市分会神经病学专科学会主任、副主任委员均来自我院。

    目前神经内科病区位于2007年底启用的新病房大楼3号楼，设有神经科床位350张，分为8个病区，包括神经科4个病区(304，305，306，307)，老年神经科(308，309)，神经康复科(303)及中医科(302)病区，并拥有先进的卒中单元病房及康复治疗病房等。医护人员91人，其中教授、主任医师7人，副教授、副主任医师15人。配设有南京医科大学脑血管病研究所、南京神经精神病学研究所等，包括流行病学、遗传学、免疫学、药理学、神经生化、分子医学、神经病理、神经放射等研究室；出版发行国家医学类核心期刊《临床神经病学杂志》，为神经科专业核心杂志前三名，深得国内外同行的青昧。

    神经科收治各类神经系统疾病疾病，如脑血管病、癫痫、锥体外系疾病、痴呆、中枢神经系统感染性疾病、周围神经系统疾病，神经遗传病及肌肉疾病等。全国各地患者慕名而来，每年收治各种神经系统疾病达2000例住院患者，每天门诊病人达300人次，并承担全省及临近省份的疑难病例会诊及干部保健工作，有较高的技术优势，在诊治神经科疑难疾病方面技术领先，在国内专科学术上有较高的地位。目前我科开展的治疗有：急性缺血性脑血管病的超早期溶栓治疗、脑血管病的介入治疗、脑出血微创碎吸术、肉毒素治疗肌张力障碍疾病、头颅亚低温治疗、高压氧治疗、神经康复治疗、癫痫、帕金森氏病等锥体外系疾病功能神经外科治疗、伽马刀治疗等。已开设包括癫痫、认知障碍、帕金森等专病门诊。