从建院初期（49年华东军区医院时期），泌尿外科即已独立成科。著名专家许殿乙当时是大外科主任兼任泌尿外科主任。“文革”中科室建制被打乱，专科合并成大外科，1978年以后医院恢复了泌尿外科建制。解放初期专科的床位为18张，后增为28张，在2000年年底医院新病房启用后专科床位成为56张，2004年进一步发展为68张，2009年泌尿外科重症监护病房成立，展开床位达到82张。2006年初，南京军区泌尿男科中心在泌尿外科基础上成立。
  
    1974年引进德国Storz新型膀胱镜；1983年引进德国Wolf全套电切镜设备；1984年引进日本岛津500毫安泌尿专用X线检查台。1992年购置了国产体外冲击波碎石机，至2001年购置第二台碎石机。1997年以后陆续添置Storz内窥镜电视摄像系统、Wolf肾镜、输尿管硬镜及软镜、气压弹道碎石机、加拿大Laborier四道程尿流动力学检查仪及美国威利高频电刀；2000年引进飞利浦泌尿X线检查台替代了岛津泌尿检查台。2004年引进了专科用腹腔镜系列，2005年引进瑞士结石清洁系统，2007年引进科以人钬激光治疗仪及泌尿外科专用超声检查仪。现设备价值﹥500万。在江苏省及军内泌尿外科中设备拥有处于领先水平。