南京军区南京总医院神经外科是全军神经外科中心、江苏省重点学科、博士硕士学位授权学科和博士后流动站。学科现有床位104张，专科ICU监护病床20张，拥有相关专科大型设备：多功能手术显微镜4台、神经导航系统、超声刀、电磁刀、CUSA、神经内窥镜、立体定向仪、多台开颅气钻、癫痫刀治疗系统和术中多功能生理监测仪等。年收治病人数超过2500例，年手术量2000台左右。

    学科在各种颅内肿瘤的显微手术治疗、脑血管病的显微手术治疗和血管内介入治疗、功能性神经外科疾病如顽固性癫痫的外科手术治疗、颅脑创伤的综合救治、脊柱脊髓疾病的手术治疗等方面积累了丰富的经验，形成特色。本学科先后获军队科技大会一等奖1项，国家科技进步二等奖1项，军队科技进步二等奖6项，军队医疗成果二等奖2项，江苏省科技进步二等奖2项，教育部自然科学二等奖1项。军队科技进步三等奖6项，军队医疗成果三等奖8项。获得科研课题经费200余万元。2006年以来发表SCI和国家统计源期刊论文150余篇，其中SCI论文33篇。主编专著4部。
   
    学科人才梯队配备合理，全科27名医生中，博士生导师3人，硕士生导师6人，具有高级职称的有12人，绝大多数具有博士学位。近年来已培养博士后3名，博士9名，硕士28名。目前在读博士9人，硕士8人。