儿科是医院重点学科单独创建于1991年学科主攻专业技术方向明确学科技术设备先进人才梯队合理有一支良好的合作敢于创新的学术团队目前学科拥有床位80多张其中新生儿30张高级职称人员11人(其中正高级3人)博士研究生1人硕士研究生3人

学科分为两大科室：儿内科及新生儿科下设有：小儿呼吸内科小儿消化内科新生儿重症监护儿童重症监护早产儿室母婴同室病房并设有小儿门诊急诊儿童心理咨询智力测试门诊内分泌哮喘及新生儿等专科门诊并拥有高档进口仪器设备如：小儿呼吸机无创呼吸机CPAP多参数中心监护系统远红外辐射抢救台早产儿培养箱新生儿转运系统细菌病毒血清学检测仪微量元素检测血气分析等并正筹建围产医学中心儿童体检中心专门成立小儿内窥镜室开展小儿支气管镜小儿胃镜等检查

学科于2001年成为台州市儿科医学重点学科后相继成为温州医学院重点扶持学科与浙江大学医学院附属儿童医院建立了台州市儿童诊疗中心并与温州医学院合作经浙江省卫生厅批准为省儿科医学重点学科(呼吸专科)的共建单位成立了第一家儿科研究所及基础医学研究实验室是温州医学院儿科硕士生的培养点具有较系统的医教研能力除了负责本市及邻县市常见儿科疾病的诊治外还担负着台州南区儿科疑难危重病的抢救与会诊并承担着温州医学院宁波大学医学院浙江中医学院等大学本科的临床实习带教工作及其他大专院校的毕业实习带教工作

学科整体水平处于台州市领先地位承担了二次省级儿科学继续医学教育项目并承担了多项省厅级地市级科研及科技攻关项目其中获省级科技成果奖二项台州市科技成果奖三项借助本院与中国军事科学院建立研究中心的实验条件已开展了小儿呼吸道病原学的分子生物学的研究以及小儿有关疾病的基因研究