厦门长庚医院眼科与有三十年历史的台湾长庚医院眼科联合开设青光眼、白内障、玻璃体视网膜（眼底病）、斜弱视与小儿眼科、眼整形、眼外伤、眼屈光及综合眼病等多个专科；开展晶体超声乳化摘除术、现代囊外摘除术及人工晶体植入等白内障手术、青光眼小梁切除手术、视网膜玻璃体疾病的药物综合治疗，视网膜玻璃体手术以及斜视矫正、眼外伤修复，眼表羊膜移植术、泪道、眼眶及眼部整形等手术。
眼科YAG激光可进行人工晶体后发障切开术、青光眼治疗、虹膜粘连松解术等，多波长氪激光治疗视网膜裂孔、中心性视网膜脉络膜病变、视网膜静脉阻塞，糖尿病性视网膜病变，视网膜血管炎，眼底血管瘤等眼底出血病以及间接镜激光治疗视网膜早产儿病变和视网膜母细胞瘤，COATS病。美国威视S4准分子激光进行近视LASIK及个性化角膜切削（ORK）手术治疗。
