内科呼吸结核专业是内科主要专业之一，设有呼吸、结核专家专业门诊，专业病房51张病床。配备有呼吸功能室、纤维支气管镜室、婴儿肺功能室、呼吸道感染病毒细菌病原实验室、睡眠呼吸障碍实验室。近年开展经胸腔镜肺活检、定时血氧饱和度监测、无创通气等，使各种呼吸相关疑难杂症诊断水平得到进一步提高，呼吸衰竭的治疗手段更加完善。
　　在享誉国际儿科知名专家江载芳的直接指导下，以及杨永弘、申昆铃、胡仪吉教授的悉心帮教下，使本专业在小儿呼吸系统疾病的诊断和治疗积累了丰富的临床经验。小儿纤维支气管镜及呼吸道病毒细菌检验已达到国内先进水平，是WHO在我国小儿急性呼吸道感染防治的临床培训基地。
　　主要收治病种：小儿气管炎、肺炎、肺结核、肺不张、支气管扩张、支气管哮喘、先天肺畸形、肺肿瘤、胸腔疾患、慢性肺疾患、间质肺炎等。

　　儿童结核病专业创建于1955年，50多年来收治了大量的结核性脑膜炎和肺结核病人，积累了丰富的临床经验，特别是在江载芳教授的领导下，在国内首创了儿童侧脑室引流术，制定出儿童结核病的治疗方案，降低了儿童结核性脑膜炎的死亡率，为控制和治疗儿童结核病做出了贡献。
　　目前儿童医院的结核病房是北京市指定唯一收治儿童结核病的专业病房，利用儿童医院的现代化设备CT、纤维支气管镜、胸腔镜等在诊断、鉴别诊断和治疗儿童结核病方面做了大量的工作，具有较高的诊治水平。现有博士研究生一名，江载芳教授定期查房，退休主任医师及副主任医师出门诊，并每周有专业门诊。