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设有小儿泌尿外科、新生儿外科及小儿骨科专业。设床位36张。科室技术力量雄厚，有数名国内知名的小儿外科专家，现任科主任张敬递主任医师、孙建中主任医师 、王学文主任医师、张立根主任医师等。小儿泌尿外科为西安市医学重点学科。附设全省唯一的小儿膀胱镜及尿动力检查室。尿道下裂肾积水的术治疗效果达全国先进水平。在其他泌尿畸形、肿瘤的诊治方面也有许多创新和发展。
新生儿外科在诊断和治疗各种消化道畸形方面积累了丰富经验，食道闭锁、先天性肥厚性幽门狭窄、肠闭锁、胎粪性腹膜炎等疾病的治疗已取得满意的效果。经肛门巨结肠一期根治术治疗新生儿先天性巨结肠，已达全国先进水平。
小儿骨科在脊髓栓系综合征、脊柱侧弯、髋关节脱位、马蹄内翻足、肌性斜颈及骨关节损伤的诊断和治疗也积累了丰富的经验。
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