北京儿童医院儿童保健中心位于儿童医院西南侧。保健中心的前身为保健科成立于七十年代。2000年6月1日保健科更名为儿童保健中心。
    长期以来保健中心负责辖区内约3万人口的围产保健、新生儿保健、儿童系统管理、计划免疫、女工保健、传染病管理等预防保健工作。
    儿童保健中心承担着首都医科大学儿科系学生儿童保健部分的带教工作。并曾多次承担世界卫生组织、儿基会以及国际多中心合作等项目工作。
    儿童保健中心不仅仅承担着地段的保健工作，自2000年3月起即已面对全市乃至全国开放了儿童保健门诊，设有新生儿行为测查、婴幼儿抚触、小儿生长发育与营养、听力筛查、智力筛查、智力测评、气质测评、铅损伤筛查、血铅测查、语言障碍训练、微量元素测评、注意力测评与训练、0~3岁婴幼儿食物过敏检查、保健咨询以及健康教育等多项与保健相关的服务，同时也可接纳幼儿园、中小学生集体儿童的健康体检工作。
    对外门诊时间：每周1~5全天门诊，上午8时~11：30分；下午1：00~4时。周六、日上午半天门诊，8时~11时。
    2002年11月开始启动会员制服务项目。此项业务主要为满足需高水平保健服务的儿童。
    保健中心现有医务人员15人。医生9人，护士6人。其中正主任医师1 人、副主任医师3人、主治医师3人、医师2人；主管护师4人、护师2人。保健中心内目前有在读硕士生1人、具有大本学历者7人、大专学历者4人，大专学历以上者占73％。